前代的「超魔神英雄傳 混種怪獸」推出後大受好評，因而決定要推出續作，並增加許多新要素及劇情，除此之外，大家所熟悉的主角們也都會在本作中登場，給予玩家各式各樣的幫助，好好利用的有助於早日完成遊戲目的。
◆雙主角劇情 可玩度的提升
本作中玩家可從原作中的主角戰部渡與忍部日美子選則其一進行遊戲，遊戲目地為合成出５隻特定的寵物怪獸，以利得到失蹤的虎王下落，兩邊的劇本分別是以兩為主角的視點所寫，結局也會因選擇的主角而有所不同，除此之外，本作中加入雙重結局要素，兩位主角都各有兩個結局，依完成的條件而會顯示出兩個不同的結局，有相當的難度及挑戰性。
◆交換再交換 遊戲內容再進化
以１代的合成及地型等為基礎，做出大量的改良，地型方面與前作相同，只要合成出對應的寵物怪獸即可進入新的地點，村莊部份則增加為五個地點，裡面的居民是原作中的幾位主要角色，玩家與之交涉，與對方以物易物，彼此交換以便得到自己所需之物。
另外，本次加入了食物及道具的要素，食物可用以餵食寵物怪獸、交換自己所沒有的食物以及交換道具等廣泛用途，而道具除了可以改變寵物怪獸的能力之外，也可以直接讓寵物怪獸進化及退化，只不過，道具的畢竟珍貴，不會讓玩家太容易取得的。
◆多重選擇 培育再培育
應這次添加的大量要素，培育寵物怪獸的方式也多了許多選擇，可像前作中直接在地圖上進行培育，也可以使用道具改變寵物怪獸的身高體重等，以及可以餵食食物等，當然也可以直接使用特定道具讓寵物怪獸進化。
當然，前作中寵物怪獸特有的特殊技能也保留下來了，不讓道具的制式培育專美於前，充滿愛的培育才有可能發揮出的寵物特技，也能給玩家各方面的幫助，是否能好好運用這份特長，一切就看玩家的功力了。
◆珍貴的記念 充滿回憶的圖鑑
同樣是本次新加入的要素，上至寵物怪獸們對地形、食物、道具的喜好，下至食物道具等資料，都會自動收入圖鑑中，由於完成不易，所以完成時可得到相當的成就感，等同於是一本陪著玩家一同成長的圖鑑。
◆連線交換 與朋友同樂
除了與遊戲內的角色交換物品，這一代也與前作相同，可與朋友的遊戲連線交換物品，交換彼此物品同樂之餘，更可藉此得到所要的物品，進而得以完成自己所需完成的目標。
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