第一話 斬！
遙遠的未來。在這個時代裡，全身機械化的武士們的漫長戰爭結束了，人們又重新回到田裡，開始生產可以圖得溫飽的稻米。可是，農民卻飽受年年「流寇」——一群過去的武士餘孽——的襲擊與蹂躪，搞得民不聊生，綺羅他們住的神無村也不例外。面對在收穫期前前來進行偵查的流寇，神無村的村長儀作決定要徹底抗戰，雇用武士這個唯一足以與流寇相對抗的存在來護村。報酬就是大米吃到飽。於是，為了找尋能夠保護村子的武士們，血氣方剛的年輕人利吉，以及水巫女綺羅和小町姊妹，代表村子踏上了前往位於沙漠那一頭的城市．虹雅溪的旅程…。
第二話 吃！
綺羅懇求勘兵衛來拯救他們的村子免於流寇荼毒，勘兵衛卻一口回絕叫她回村子去。看到這一幕的勝四郎，自告奮勇要幫他們找武士，但是要找到對這場不能升官發財的戰役感興趣的武士，並不是那麼簡單的事情。就在日復一日的失望當中，綺羅卻被虹雅溪的富商之子右京給看上了，還因此遭到了綁架。為了救出綺羅，勝四郎和小町所中意的機械武士菊千代，攻向了右京的後宮！就在這時勘兵衛他…!?
第三話 別開玩笑了！
救出綺羅之後，勘兵衛回到了利吉他們那裡。滿身是傷的勝四郎和菊千代也在此會合，勘兵衛在大家面前立誓要拯救村落。襲擊村落的流寇估計有四十來架，勘兵衛認為要保護村子至少需要七個人。於是尋找武士行動再次展開。在這過程中，他們遇見了特異獨行的武士五郎兵衛。這位在大戰後，捨棄了刀劍之道，以街頭賣藝維生的武士，勘兵衛決定試試他的本事！
第四話 看招！
雖然找到了拯救村落的第二位武士五郎兵衛，但勝四郎與菊千代在勘兵衛眼中，依舊還是很不成熟。在右京的命令下，不斷企圖劫持綺羅的機器人保鏢們，在大戰中生還下來的勘兵衛以及五郎兵衛面前，全都不是對手，一個接一個遭到了解決。勝四郎深深為他們的力量所著迷。在這同時，聽說了勘兵衛他們的傳聞，直屬於右京的養父文麻呂的劍客久藏，前往襲擊勘兵衛！
第五話 見笑了！
久藏以壓倒性的劍術和勘兵衛對上了，卻沒想到中途殺進了個程咬金，只能落下話說下次再交手。在繼續尋找武士後，這次則碰上了以砍柴為生的前武士平八。此人開口閉口都是在講大米，看起來一副不怎麼管用的樣子，不過一旦遇到了事情，卻是相當的可靠。
第六話 交給我！
來自京城的御史遭到了暗殺，身為虹雅溪的領主，文麻呂必須負起被糾彈的責任。從命案現場留有兇器刀劍這一點，麻呂認定犯人一定是武士，於是出動自己手下的警衛巡邏隊，在城裡展開大規模的武士搜捕行動。城裡的武士不斷遭到逮捕，令勘兵衛一行人不得不暫停尋找武士。
第七話 養生！
勘兵衛透過管道，逃到了娛樂業興盛的旅館街「溫柔之鄉」，在那裡遇見了武士七郎次。曾經擔任勘兵衛的輔佐，走過釵h戰場的這個人，也在大戰之後辭去武士的職位，與曙U「螢屋」的女老闆雪乃交往，並且悠閒享受以演奏太鼓維生的日子。此時勘兵衛出現了。
第八話 憤怒！
七郎次加入之後，眾人進入文麻呂無法干涉的禁忌之地。那裡名為式杜人之鄉，據說進去的人從來沒有出來過。眾人緊張地沿著水路前進，之後看到的是一具被擊落戰艦的殘骸。殘骸的爐心至今依舊運作，在戰艦周圍則是全身由盔甲包覆的式杜人，以及被帶來當成苦力的農民居住的村落。
第九話 一分為二！
在穗香的帶領之下，勘兵衛等人離開式杜人之村回到地面。要前往神無村必須越過一片荒涼的沙漠，而他們在那裡被一群流寇襲擊。機械武士第一次與勘兵衛等真人武士交戰。面對對戰艦用而巨大化的流寇，曾經擔任突擊兵的勘兵衛等人活用其機動性，逐漸將流寇化作普通的殘骸。
第十話 會合！
那場沙漠的戰鬥是要偵查敵方的戰力。勘兵衛等人的目的、人數及戰力已經為敵人所知。為了避免在前往神無村的路上被敵人發現，眾人分成三組各自隱密行動。綺羅與七郎次一起，加上在上次戰鬥中加入的久藏沿著荒野的路線前進。面對與勘兵衛交戰之後加入的久藏，綺羅還是無法全面信任。
第十一話 來了！
避開流寇的監視耳目，武士們終於抵達神無村，然而迎接他們的卻是農民驚恐的眼神。他們真的打的倒流寇嗎？不安轉變成疑惑，甚至有村民想與流寇串通出賣武士們。農民與武士之間的緊張尚未解除，村莊的要塞化任務及戰鬥訓練就開始了。不安的萬造居然前去向流寇的斥候通風報信，勝四郎與綺羅則前去阻止…！
第十二話 哭喊！
第一次殺人－。即使已經有所覺悟，面對躺在地上的屍體，全身沾滿鮮血的勝四郎佇立在原地無法動彈。趕來的勘兵衛打醒正在顫抖的勝四郎，斥責他武士的天職本來就是殺人。接觸到勘兵衛這嚴苛的原則，將一位天真的少年逼上這條路的綺羅，不只為自己的罪過感到羞恥，也決定與勝四郎沾滿鮮血的內心共同墮落…。
第十三話
依據平八所製作的設計圖，農民們開始製作巨大弓弩，因為神無村的地理環境無法防禦來自上空的攻擊，流寇也一定會優先以此為目標，所以勘兵衛想反過來利用這樣的劣勢。隔天早上，眾多遠比預期還多的流寇來了，並以磅礡之勢想要毀了村莊。藏在森林後的巨大弓弩，將要貫穿流寇的傲慢心態！
第十四話
受到巨大弓弩的攻擊，流寇們失去了一半的戰力。指揮神無村襲擊部隊的頭目修齋變更作戰，趁著濃霧瀰漫時由後方進攻村莊，被偷襲的農民們只好投降，把4名武士推至流寇之前，除了武士，大米與想拯救神無村的綺羅則也都被帶回要塞。然而這也是勘兵衛的作戰計劃，其餘藏身於米袋中的武士們即將從敵陣內部進攻。
第十五話
失去要塞的流寇，拖著焦黑損毀的機體將陣線退到後方。武士與農民團結一致擊退流寇的事時，在他們之間產生超越身分的認同感。面對即將來臨的決戰，勘兵衛將農民的主食「雜炊粥」倒進武士們的酒杯暢飲。雨聲、飄動的軍旗，勘兵衛下達指令，勝負將在這一擊之中底定…！
第十六話
修齋率領僅存的戰力從三方向進攻，試著分散武士們的戰力，並且以長槍等武器為中心進行攻擊。平八！五郎兵衛！武士們在長槍面前一人接一人倒下。修齋站在被雨、血以及油所沾溼的大地上，與勘兵衛進行一對一的主將決戰！
第十七話
雖然成旦G退襲擊神無村的流寇，然而以利吉的妻子早苗為首，被抓的婦女們都已經被帶往「京城」了。勘兵衛請七郎次重建燒毀的村莊，然後一個人出發前往京城，也被留在村子裡的勝四郎實在是無法釋懷...
第十八話
沒有人知道所在地的京城，勘兵衛終於掌握到了情報。原來是將大戰時期武士們用作旗艦的浮動戰艦，改裝而成為一座移動宮殿。京城的統治者派遣流寇，前往各地搶奪婦女及糧食。勘兵衛偽裝成虹雅溪使者暗殺事件的犯人，成奶J侵來到天主的面前....
第十九話 背叛！
右京前往王都之後等待著他的，是自己出乎意料的出生祕密。以流寇抓來的婦女為苗床，將天主的複製品送至各國，並且將其中能夠以一己之力爬上頂點的人，選為下一任的天主施予教育－－。文麻呂無法隱瞞驚訝的神情，右京對這種狀況卻是相當樂在其中。曾經是利吉的妻子，如今懷有天主之子的早苗，看到右京的笑容之後，不由得湧現一種不安的感覺…。
第二十話 變裝！
右京為了宣佈新天主的即位，而將王都的前進路線設定為虹雅溪沿岸。在這個時候，返回虹雅溪蒐集情報的勝四郎等人，看到忽然出現在街上的王都，以及將勘兵衛處刑的公告不禁大為驚訝。綺羅認為這也是勘兵衛的計謀之一，但血氣方剛的勝四郎依舊衝入王都。與他同行的菊千代，看到寬廣糧倉中所堆放極為大量的米袋，不由得憤怒地拔出刀來，在王都內部捲起一陣大騷動！
第二十一話 蠢蛋！
面對打倒劊子手並且逼近的勘兵衛，右京連忙對他下達特赦令，並且宣佈要釋放早苗等人，以牽制勘兵衛的行動。看到右京如此擅長操縱人心，勘兵衛不由得感到他的恐怖。此時趕赴現場的勝四郎，看到勘兵衛的處刑現場竟然以這種方式落幕，不由得爆發不滿的情緒。抱怨他丟下同伴獨自旅行的結果竟是如此，以及為什麼自己無法被他認同。情緒失控的勝四郎，手中的刀竟然就這樣朝勘兵衛砍去！
第二十二話 耳光！
激昂的勝四郎離開了勘兵衛的身邊。無視於擔心他而追來的綺羅，只是單方面訴說自己的心意，造成了一場尷尬的場景。隔天早上，神無村的平八以及七郎次，由傷勢痊癒的利吉陪同來到勘兵衛的面前。利吉雖然與妻子早苗重逢，心儀已故天主的早苗卻拒絕了他，現場陷入沈重的沈默之中。看到還無法解開內心枷鎖的早苗，勘兵衛痛苦於自己面對以刀無法斬斷的事物，竟然是如此的無力。
第二十三話 謊言
一邊命令流寇徵收更多的貢品，一邊將浪人送到各地的村莊，讓他們與農民協力擊退流寇。右京以流寇為犧牲品，不但完成自己的報復，同時也招攬人心進行統一大業。對於農民而言，他就像是戰後的救世主。看穿右京企圖並且造反的流寇頭目，也慘敗於王都的主砲之下。如今只有神無村不隨右京的意念所動，因此他要消滅神無村以完成己身霸業，然而勝四郎正在村裡等著他！
第二十四話 約定
農民焚燒著襲擊神無村的右京先鋒隊殘骸。經過與勘兵衛等人並肩作戰之後，他們已經成長到足以自行保護村莊。看到這樣的他們，勝四郎不禁覺得實在是相當可靠。先鋒部隊被打倒之後，右京派遣無數的流寇部隊降落於神無村，將設置於村內的防空武器全部摧毀。在主砲即將對神無村發出最後一擊時，勝四郎拿著刀站在主砲的面前。看到如此愚蠢的行為，右京忍不住露出笑容…！
第二十五話 墜落！
勘兵衛等人藉由斬艦刀追擊王都，並且與前來迎擊的流寇交戰。久藏在空中也展現出異常的劍技，以流寇當作踏板，越過八艘戰艦率先抵達王都。潛入yakan的平八前往停止王都的主要動力機關，勘兵衛、七郎次及菊千代則是衝上天手閣要取下右京的首級。他們那裡遇見獨自作戰的勝四郎，勘兵衛也對他投以慰勞之意。如今武士們最後的戰鬥即將開始！
第二十六話 種田！
失去主機關動力的王都，就這麼朝著神無村墜落。勘兵衛追到了企圖逃離的右京，他完全不被右京的言語所迷惑，一劍讓他得到應有的制裁。菊千代以他幾乎損壞的身體阻止王都墜落，至此血流成河的戰鬥終於結束了。第二年的春天，傷勢痊癒的勝四郎即將啟程旅行，勘兵衛送給他一把刀餞行。看到與利吉共同耕田的早苗，勘兵衛感覺到自己的任務已經結束，就這麼悄悄消失了身影，綺羅也只能目送著他的背影離去…。
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