在一代任務結束之後轉眼間就過了兩年，正規軍參謀本部接見Marco和Tarma
他們發現Morden的餘黨勢力似乎正在醞釀中，恐怕會造成第二波的反叛行動
不但世界各地開始引發一些小型的活動，而且這些小型活動的主使也開始聯合嘗試組織化
據各地的來到情報顯示，Morden的勢力極有可能又再次復活...
但是，Morden不是失蹤了嗎？兩年之間，從未得知他的消息
Marco和Tarma倒很清楚該怎麼做，他們自願再次組隊出擊－以秘密突擊的方式
參謀本部自然同意了他們的作法
然而，他們擔心這是一場過於艱難的任務，不是兩個人就可肩負得了的
於是，他們推薦正規軍情報部的特殊工作隊「Sparrows」，那邊將會派遣兩人來支援
此次任務，即2nd Mission，是四人的共同作戰
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作戰即將出發的當天，Sparrows的兩位士兵來會合了...
令他們驚訝的是，是兩位女性！
「我是笠本英里，二等兵。叫我Eri(英里)就可以了。」
「呃...嗯，真的很榮幸見到你們兩位前次大戰的英雄，我是Sparrows的Fiolina Germi，一等兵
我是第一次參加這種大規模的作戰行動.....但我沒問題的。希望大家一起加油，多多指教了。」
「喔喔......Marco，這次可以和這樣的女性一起作戰吶。」
「都到這時候還說什麼，時間到了。Mission Start!」
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