Dream Chronicles: The Book of Water的結構很像Dream Chronicles: The Book of Air和該系列中的其他遊戲，但略有不同。與其他Dream Chronicles遊戲相比，整體遊戲玩法沒有太多改進。它比傳統的隱藏物品遊戲更像是一種類似任務的冒險，是冒險和益智遊戲的混合體。以大量不同難度的謎題和邏輯任務為特色，《水之書》仍然確保謎題非常巧妙，並與故事緊密融合，這是任務或點擊遊戲的典型特徵。沒有要查找的項目列表，但有大量基於庫存的謎題、邏輯謎語和要解決的任務，它們分散在遊戲中的各個位置。玩家找到的物品可能會在他們發現的場景以外的場景中使用。物品將保留在庫存中，直到玩家需要使用它們。玩家能夠撿起的所有物品都有其用途，無論它們是否在該場景中使用。很多時候在這個遊戲中，玩家拾取的棋子只能在他們到達下一個場景時使用。有些物品可能不會立即在場景中顯示，玩家必須先執行其他任務才能顯示。
提示系統比以前的所有Dream Chronicles遊戲都更加進化和增強。玩家可以使用左邊緣的“定位器”按鈕來突出顯示他們可以拾取的對象，包括夢境碎片。“定位器”需要充滿電才能工作，隨著時間的推移它會充滿電。但如果沒有，則不使用提示的力量。有些謎題有一個可用的跳過按鈕，玩家只需要等到它被填滿就可以使用它。還有一個幫助系統供玩家使用。通過單擊此按鈕，玩家將在看板中看到提示或目標。提示或目標在實現時從板上消失。值得注意的功能，僅在珍藏版中出現遊戲的最大亮點在於，除了扮演主角萊拉之外，玩家還可以在獎勵章節中扮演菲伊。在水之書Lyra 旅程的前傳中扮演 Faye，找出 Lyra 故事開始前一刻發生的事情。
與之前的遊戲The Book of Air一樣，Dream Chronicles的特色元素“Dream Jewels”具有四種特殊能力（與第四款遊戲相比提升了一種能力）。它們可以用來照亮黑暗的地方（“照亮”），重建破碎的物體（“焊接”），揭示看不見的東西或秘密（“揭示”），並允許看到天琴座遠方的愛人離開（“願景”）。為了激活夢想珠寶，玩家需要用到處扔的夢想碎片填充它們。遊戲結束時，玩家獲得總分最高分. 玩家完成遊戲的速度越快，他們能找到的夢想珠寶和夢想碎片就越多，跳過拼圖的次數越少，他們獲得的分數就越高。當玩家以相同的名字再次玩遊戲時，一些關鍵物品本身會在第二次玩時出現在不同的地方。
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