明朝中葉，隨著明太祖朱元璋打下基業、以及其子孫幾代的勵精圖治，帝國一步步走上了強盛的頂峰。然而在仁宣之治結束後，由於繼任者不思進取，國力很快便開始由盛轉衰，雖然在表面上仍是一副昌盛之態，實際上已是暗潮湧動，內有宦官擾亂朝綱，奸佞貪贓枉法；外有夷族環伺北疆，倭寇虎視東洋，看似強大的大明王朝其實不過是暴風雨籠罩下的一葉扁舟，隨時都有被掀翻的危險。
這一段時間的中華武林，就像是明朝的縮影。
中華武學一脈，自華佗戲五禽起，先後經歷過唐、宋兩代盛世，至元代而衰。在大明朝建立後，華夏山河一統，中原、西域、南疆三地方武學交流終於暢通無阻，得以迅猛發展，以武當、明教、天龍、逍遙、唐門、五毒、神龍、血刀、丐幫九大門派為首諸家武學百花爭鳴，大放異彩，眼看著又將會迎來一次武學盛世。
不過正所謂人外有人，天外有天，在這個臥虎藏龍的江湖之上，九大門派並非天下無敵，來自西域波斯的摩尼教高手如雲、不可小覷，朝廷所設立的錦衣衛和東廠更是無孔不入，緩緩向江湖滲透著。而故老相傳，江湖中更有一個凌駕於所有門派勢力之上的神秘組織，名曰“潛龍”。
潛龍極其神秘，無人知曉其來歷，亦無人知曉其所在。雖然絕大多數時候，潛龍都隱於世外，但江湖上的一切都逃不過其耳目，它如同江湖的影子，觸摸不到，卻又無處不在。每逢武學盛世的頂峰到來之日，潛龍就會出世，以超乎想像的武力壓服天下高手，給各門各派帶來沉重的打擊。據說，唐宋兩代的武學盛世皆因此而止，那便是中華武學史上極為有名的“潛龍劫”。
而在這個時代，潛龍尚未露面，一場空前的劫難便改變了武林的氣運。在第四屆“華山論劍”上，黑龍會橫空出世，毒殺在場所有高手，而後迅速席捲武林，在其兇猛的攻勢下，九大門派中有七派皆遭滅頂之災。雖然這一場“黑龍之亂”在數月之間便得以平定，但它所帶來的影響是前所未有的。經此一劫，中原武林元氣大傷，預想中的武學盛世尚未成形，便告夭折。
劫波之後，風雨不休，伴隨著九大門派的衰敗，江湖格局出現了巨大的轉變；代表江湖新勢力的殺手組織“血雨”和專門針對黑龍會餘黨的“屠龍殿”相繼崛起；代表朝廷勢力的東廠和錦衣衛則加快了向武林滲透的節奏；而與此同時，代表了邪派勢力的黑龍會餘黨們仍在各地興風作浪；為了防止江湖再度陷入腥風血雨，以逍遙派、藥王門、巨劍門、唐門為首的青山堂肩負起了領袖武林的重任，他們代表著武林中最正義的力量，率領天下武林正義之士，努力維持著江湖上秩序。
在這幾大勢力的糾纏交錯之中，江湖在醞釀著新一輪的變化，各勢力均關注著對方的一舉一動，猶如幾大高手之間的對決，招式瞬息萬變，只要棋錯一招，便會墮入萬丈深淵。只不過，他們所爭奪的，乃是整個江湖的霸權！但他們並不知道，在更高的地方，還有一條已蟄伏了數百年之久的“潛龍”，一直在默默俯視著他們，等待著勝負揭曉的那一刻。
《臥虎藏龍M》的故事，便發生在這樣的環境下。
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