在「未來都市 技術實證特區」中，名為 Jobroid 的高性能仿生機械人透過「SOFIA系統」進行管理，從事像是清掃、搬家、工程等各式工作以輔助人類生活 。為了進一步活用 Jobroid，「Jobraver」系統應運而生，讓 Jobroid 與「勤務車輛」合體，在警察、消防、救護等公共機關及民間企業進行試驗運作。
然而某天，發生了 Jobroid 被不明勢力操縱的「潛入事件」！警察型 Jobroid──Wapper──隨即展開調查。當他趕到專門處理 Jobroid 事件的組織「SEED」基地時，邪惡的 Jobroid「Ace」突然現身！Wapper 好不容易脫逃後，開始號召其他 Jobroid 夥伴。究竟他能否查明真相，解除這場危機呢？
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