在未來的世界裡，面對妄圖征服地球的外星人，出現了一個阻止敵人入侵的五人團隊，為危難之中的人類帶來了一線曙光，他們就是「科學小飛俠」。沒有任務時這五位成員各有工作，以一般人的身分生活。一旦有異常情況出現，他們就成為無所不能的科學忍者，英勇的守護人類。
在科學小飛俠的奮戰之下，秘密組織惡魔黨曾一度被徹底消滅。然而，原本應該飛往宇宙彼方的幕後至主謀無名主宰卻再度侵略地球。他命令新的僕人杜蘭莎為首領，並且復活惡魔黨。
為了從捲土重來的惡魔黨魔掌中拯救世界，科學小飛俠駕駛新型航空母艦「新鳳凰號」，挺身迎戰！
動畫瘋線上看
