有一個美麗又迷糊的鍊金術實習生,她的名字叫做「瑪洛娜」(暱稱瑪莉)。她在一所創校數十載的著名鍊金學院「薩爾布魯克王立魔法學校」就學。這所學校教導瑪莉所有有關於「鍊金術」的一切知識,為的是讓這名少女能夠成為一名成功的鍊金術士,不過實在因為她太迷糊了,在畢業前夕,從小就嚮往當個鍊金術士的瑪莉竟然創下該校成績最差的爛成績,排名倒數第一,讓老師傷透腦筋。到底瑪莉在學校裡的學習生活發生了多少好氣好笑的事件呢?
本作主題提到「鍊金術」,它是指世界上一切物質均為「元素」排列組合而成,「鍊金術」以研究這些元素的組合與調配,創造出全新物質的一種技術。這樣的技術需要擁有纖細緻密的神經、靈巧的雙手以及不可或缺的忍耐力等個性才能辦得到,偏偏瑪莉無一具備,她粗心大意、大而化之再加上漫不經心的性格,使她無論做什麼都只有失敗的份,甚至曾經大意到把專門製作調合藥物的實驗室牆壁給炸掉了。結果,她成了學校創立以來的最差成績紀錄保持者。她的老師「英格麗」看不下去給了她一個提議,要她在5年的時間內以一間店舖和為數不多的金錢,運用學習到的魔法能力製作出一件了不起的作品交給她,她會以那件作品來評斷瑪莉是否具備成為鍊金術士以及讓她順利畢業的能力,故事就在這樣的悲慘狀況下展開了。
瑪莉戰戰兢兢的經營著老師交付她的工房,努力製作著終極道具。在一週為10天、3週為1個月、1年為12個月的世界中,瑪莉可以在工房內讀書、或到城外去蒐集鍊金術所使用的各種材料,每個材料都要用錢買,瑪莉還要外出打工,不管是酒館、還是以自己的鍊金術幫客人製作道具,都可以獲得金錢,可謂一舉兩得。材料一方面外出蒐集,一方面要用打工的錢購買,在危險的野外採集道具石,萬一碰到危險的怪物,瑪莉也必須提起勇氣與之對抗。在這些冒險的日子裡,瑪莉將結識許多冒險者,這些好友將會適時的幫助她度過難關,像是餽贈禮物或是直接給於幫助等,所以努力與朋友聯絡感情將是遊戲中很重要的成功捷徑。本作就以這四項要素構成,即「讀書」、「工作」、「戰鬥」、「事件」四種,每種要素都會互相影響,若只重視其中一項,其他草率應付的話,將會很快到達技能的極限,良心建議最好讓四項要素平均發展。另外,因為老師要求瑪莉必須做出高難度的道具,這種道具必須要有一定的經驗值才能達成,瑪莉將以朝著多讀書、多累積經驗值的方向努力打拼。
最後告訴玩家本作除了正式調製配方與戰鬥故事外,附加了「小蘋果」、「大黑熊」、「睡魔」、「小老鼠」、「史萊姆」、「寶藏」等6種小遊戲穿插在故事內容中,每種小遊戲操作方式都非常簡單,過關後還會拿到令人喜出望外的寶物!所以「鍊金術士瑪莉」將讓你的休閒生活非常豐富。看到最後還不快來幫助她?小心瑪莉等不到你的協助又要炸毀這間魔法小工房啦。