主角李逍遙出生在餘杭縣的一個小漁村,從小給嬸嬸帶大。因為嬸嬸經營客棧的關係,逍遙見多了英雄好漢,一心想成為正義遊俠(實際上是個整天睡覺躲懶的店小二)。因緣巧合結識了酒劍仙並因此學會一式御劍法。有一天嬸嬸突然生病,住宿的客人指點他前往仙靈島求丹。在島上巧遇正在荷花池沐浴的趙靈兒。一番波折後,趙靈兒被李逍遙的孝心感動,趁姥姥不在,偷拿仙丹給他。而正當李逍遙要離開仙島之時,卻被姥姥撞見,姥姥變為蛇身將李逍遙嚇暈。趙靈兒道出事情原委,姥姥卻逼迫李逍遙與趙靈兒當晚成親。李逍遙則趁姥姥於第二天早上拜祭先祖期間逃離仙靈島。
第二天回到客棧的李逍遙由於服下了之前神秘人物謊稱免受島上瘴氣所傷的「忘憂散」,藥性發作,忘記了昨天發生的全部事情。幾天之後,李逍遙發現一群人行蹤詭秘,決定一探究竟,發現他們所攜帶的麻袋里裝的竟然是趙靈兒。而此時的李逍遙已完全忘記了她。趙靈兒將事情的原委告訴了嬸嬸。嬸嬸主持公道,要李逍遙幫趙靈兒尋找母親,並在之後與她成親。
嬸嬸托人將李趙二人送到蘇州,在蘇州郊外救下了被強盜綁架的林月如。在蘇州城內,李逍遙誤入比武招親大會,而大會的女主角正是林月如。在贏得勝利之後,林父要求李逍遙娶林月如,李逍遙未允。當晚,李逍遙與林月如花前月下鬥嘴,卻驚聞趙靈兒變為蛇妖,破牆而逃。
心系趙靈兒安危的李逍遙和素來與父親不合的林月如連夜翻牆而出,追尋趙靈兒行蹤。在路上聽聞前方山洞內出現一個吃人的蛇妖,兩人決定去看看,殺死蛇妖和打敗狐狸精後,放走了被這兩個妖怪擄來的姑娘,才得知妖怪其實不曾傷害於她們,只是留她們在洞府當雜役罷了。
二人追出蛇洞,在白河村遇到了暈迷不醒的趙靈兒。韓醫仙治好了趙靈兒。作為回報,三人決定幫村民除去殭屍之害。當三人剿滅赤鬼王,回到村子,卻得知韓醫仙的女兒夢慈被黑苗人抓走,要趙靈兒獨自前往鬼陰山。靈兒走後,李林二人不放心也前往鬼陰山協助。最終李林二人找到了夢慈,卻中了石長老的埋伏,在趙靈兒的求情下,石長老放了李林二人,帶著靈兒離開了。
二人追到揚州,因卻因當地連續發生竊案,官府封閉揚州城,只進不出。無奈兩人只好在客棧住下,另作打算。不料當天深夜客棧即發生竊案,二人追蹤盜賊,卻在一處宅院的後院不見了盜賊蹤跡。二人只好返回客棧另作打算,卻被官府不明就里的當作盜賊拿下。林月如因其父為京城高官,當地府衙並不敢得罪。一番周旋下,官府扣押林月如為人質,命李逍遙緝拿真正的盜賊歸案以換清白。
李逍遙來到盜賊失蹤的宅院,在主廳內發現機關暗道,在暗道的盡頭終於找到盜賊並擒獲。原來盜賊就是這戶宅院的女主人。官府見李逍遙擒獲盜賊,便將林月如釋放,並解除了揚州城的封閉。
二人離開揚州,來到一所白苗人開的客棧歇腳,不料掌柜蓋羅嬌用茶將他們迷倒。客棧之外蓋羅嬌伏擊石長老欲奪下趙靈兒,石長老不敵,使出赤血烈焰與蓋羅嬌一眾同歸於盡。此時獨孤劍聖趕到,誤以為石長老與蓋羅嬌一眾遍地屍橫乃趙靈兒所為,不由分說強行帶走趙靈兒。
李林二人蘇醒後,檢查現場見蓋羅嬌未死,簡單救治後蓋羅嬌告知事情原委。迷倒他們不過是希望他們不要捲入這場鬥爭,並告知靈兒被劍仙帶走。二人一時不知如何找到劍仙,來到前方小鎮,偶遇林月如的姑母,並隨之一同到京城林家再商議對策。
二人回到林家便聽說劉晉元剛與彩依新婚,就染疾不起。李逍遙外出請道士未果,卻發現曾教他武功的酒劍仙泡在運河裡。李逍遙救下酒劍仙。此時,劉府上下已中了妖術,昏迷不醒,酒劍仙答應作法去妖氣,但咒語念了一半,便昏睡過去,氣急的林月如衝進劉府要一探究竟,撞見已變身為蝶精的彩依帶著昏迷的劉晉元正要離開。林月如誤以為彩依要害人,遂出手阻攔,最終不敵。彩依找到蜘蛛精毒娘子,求她救劉晉元。毒娘子不肯,眾人隨後趕到,與毒娘子展開惡戰。最後毒娘子被從天而降的酒劍仙所殺。彩依這才告知眾人真相,原來自己是一隻蝴蝶精,一日不慎落入毒娘子的蛛網上被劉晉元所救,但也因為此劉晉元被毒娘子咬了一口,中了毒娘子的纏魂絲之毒,除了毒娘子無人能解。現毒娘子已死,蝶依甘願用自己千年修行來換劉晉元的十年壽命。眾人唏噓不已……
酒劍仙御劍將眾人帶到蜀山,找到獨孤劍聖,得知趙靈兒以被他關進了鎖妖塔,李逍遙在明知鎖妖塔有進無出的情況下仍然決意要進塔救人。酒劍仙自知無法阻攔,便將從毒娘子身上得到的雷靈珠和蜀山仙術相贈。在鎖妖塔底,李逍遙救下了靈兒,他自己也恢復了之前失去的記憶。在書中仙的指點下,眾人必須打破支撐鎖妖塔的七根龍柱才能出塔,然而就在最後時刻,林月如為了救李趙二人,自己被墜落的石板壓死。
此時,已經後悔的獨孤劍聖趕來,救出了三人,並將他們送到雲南大理。在此,靈兒動了胎氣,就要生產,白苗長老聖姑要李逍遙速速尋來鳳凰蛋和麒麟角二物來為靈兒安胎。李逍遙從鳳凰窩中取下了鳳凰蛋,卻被一個苗族姑娘搶走。一番的交涉後,李逍遙得知姑娘名叫阿奴,阿奴同意在孵出金翅鳳凰幼鳥後歸還蛋殼。並帶李逍遙先去火麟洞取得麒麟角,兩人從麒麟老人處得到了麒麟角,並得知了一些靈兒父母的事。臨走時,麒麟老人叮囑李逍遙離開大理之前要去女媧神廟一次。
李逍遙來到女媧神廟,發現一尊外觀酷似靈兒的石像,當李逍遙上前探知詳情時,卻被吸入另一個空間,在那裡,他遇到了靈兒的母親巫后,巫后詢問了李逍遙是否真愛靈兒,並將他送到十年前的大理城。在十年前的幻境中,李逍遙救下了被追殺的靈兒和她姥姥。並得知了巫后被拜月陷害的真相,當李逍遙企圖救走巫后時,拜月教主放出水魔獸,巫后因擔心水魔獸危害世間,便與之同歸於盡。
回到現實,已是一個月之後。很快,靈兒產下一女,命名為李憶如。痊癒後的靈兒來到女媧神廟,用五顆靈珠召喚來了雨水,解除了苗人部落的旱災。然而一隻魔獸跳出,眾人將之擊敗,從地道來到了南詔國王宮,靈兒見到了父王。父王決定傳位於靈兒,拜月教主極力反對。一番爭執,眾人得知了一切怪事的元凶正是拜月自己。惱羞成怒的拜月喚出水魔獸,眾人奮力擊敗了拜月,然而靈兒卻因戰鬥而受了傷,其流出的女媧血被拜月吸收,拜月與水魔獸合二為一。靈兒將阿奴和李逍遙送上岸,自己卻飛到空中與拜月同歸於盡。
普通結局(《仙劍奇俠傳》唯一結局)
傷心的李逍遙離開了苗疆之地,在大雪紛飛之中,彷彿看到林月如就在前方,抱著李憶如。