講述了一個美女神醫零的故事,零小時候和朋友被關起來,其中一個男人叫孝一,他們彼此深愛對方,因為他們都是被克隆失敗的作品,所以組織把他們的器官販賣組織賣掉了。
零被賣掉的是一雙眼睛,零的領養母親和院長把零救出來,零被一個自稱Black Jack的醫生所救,Black Jack為她移植可以看到內部結構的眼睛,從此,成為美女醫生的零開始了尋找自己被奪走的眼睛之路。
秘密逐漸被發現,原來這個組織的老板原來是個醫生,為了將死去的媽媽連記憶一起完全克隆,不停地做實驗,而零就是死去的媽媽的克隆失敗版本之一,但是記憶卻沒有得到克隆……孝一之所以愛上零或許因為是自己被克隆的人的感情。
謎底揭開,零卻失去了一隻眼睛,最終老板被自己的克隆人51,也就是老板自己最完整的克隆人殺死。51想把零的眼睛再換回來,並把所有克隆人再次召集起來,像小時候一樣一起生活,但這不是零想要的,在對51的勸說時零暈倒了,51無法承受這個事實,自殺了。Black Jack再次為零移植了可以看見物質內部的眼睛,一切又恢復了平靜。