在一萬年前的最後戰爭裡，地球的南半球消失了。而以往的高度文明滅亡，取而代之的是被大自然所覆蓋的野生大地。同時有著人和獸二種姿態被稱呼為「beast」的獸人們，與大自然一起和平生活了很長的一段時間。但某天，一個自稱「休曼」的種族降臨在地球上，他們為了找尋長眠於這個大地的神秘力量「蓋亞」而開始對各獸族進行侵略。
獸族族長的獨生子「汪達」、鳥族長老之孫「巴特」、人魚族的公主「梅瑪」、以及龜人「梅卡」被休曼族襲擊並囚禁起來，但休曼研究所的巴士瓦特博士希望汪達等人帶著其孫女「悠妮」逃離休曼族的掌控，因此協助他們逃離空中要塞，不過 卻在半途遭到追兵攔截，巴士瓦特博士也因此喪命。此時，獸族、鳥族、人魚族的三具石像復活，成為三具「神靈機」，帶領汪達等人擺脫敵人的追擊。
自此，汪達一行人為了對抗休曼族，也踏上了尋找「蓋亞」的旅途。但任誰都沒想到，悠妮居然和「蓋亞」有著密不可分的關係……
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