遊戲的主角「ゲオリク・ザベリスク」是國王ハードランド的主治醫生。為了讓甫出生即體弱的妹妹「リリス・ザベリスク」能夠好好療養身體,年紀輕輕就從主治醫生退役搬回鄉下的家,甘願以小小的地方貴族身份過活。就在某日,因要事而離家短短幾天的ゲオリク,其妹リリス被發狂的村民們以魔女審判的理由襲擊,リリス的頭就這樣被斬下、身體亦被燃燒殆盡。返家發現此一事實的ゲオリク在傷心之餘將リリス僅剩的頭拾起時,驚訝的發現妹妹居然能夠以僅剩的頭生存著。
為了使妹妹的身體與心靈回復以往的模樣,ゲオリク用盡手段得到年輕女性的身體並嘗試著將其與リリス的頭接合,不過卻總是因頭與身體產生排斥反應而次次失敗,讓ゲオリク傷透腦筋。就在此時,他得知了「ホムンクルス」,這項在鍊金術中被稱為人造人的技術。
但,ハードランド王國為了使國家向機械文明演進,在好幾百年前已將魔術、咒術、鍊金術之類的非科學術法全部禁止,魔術師與鍊金術士在那時亦被流放至國外。而國內餘下的術法研究者們一經發現,就會以密謀造反的名義處以死刑。對ハードランド餘下的術法研究者們而言,這是一段血淋淋的時代。
不過就算是國家下令禁止接觸,為了妹妹リリス,ゲオリク義無反顧的踏入鍊金術這塊領域,再也無法回頭……