在莉莉安女子學園，有一個傳統，被稱為該sœur系統（sœur在法文中解作「姊妹」），其中二或三年級的學生會給予一個低年級生一串念珠，而低年級生就會成為她的妹妹，身為姊姊的高年級生須承諾會照顧妹妹，並教導他們。
當故事開始時，福澤祐巳像其他學生一樣在學校入口附近的聖母瑪利亞雕像祈禱之後，遇到二年級生小笠原祥子，祥子只是輕輕走近幫祐巳整理絲帶。這看似簡單的行為，被祐巳的朋友蔦子拍下，蔦子為了可以在學園祭上登出這張照片，在那天放學後強行拉祐巳到薔薇之館。不過祐巳在薔薇之館的會議室門口被正要衝出來的祥子撞個正著，祥子見到祐巳，就要求她當自己的妹妹。原來祥子被要求在學園祭上的話劇當女主角，但由於祥子十分討厭男生，所以不願參與演出，祥子的姊姊說：「沒有妹妹的人沒資格發表意見。」祥子巧遇祐巳，正好有了妹妹的理想人選。祐巳一開始認為自己沒有資格擔入祥子的妹妹，可是經歷了幾件事之後，二人終於打破障礙，成為姊妹。
後來祐巳就在山百合會幫忙，協助薔薇大人們處理學生會的事宜，並和島津由乃和藤堂志摩子成為好友。透過情人節和畢業典禮等活動，在聖母瑪利亞的面前，大家成為好友。瑪利亞的凝望的故事，就是圍繞著山百合會的女孩們的小故事。
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瑪莉亞的凝望 (マリア様がみてる) 主題咖啡廳 (已結束 in 2019)
