『機動戦士ガンダム Vol.2~JABURO~』はタイトルからも分かるとおり、『機動戦士ガンダム Vol.1~SIDE7~』の続編だ。前作『Vol.1~SIDE7~』では「第12話 ジオンの脅威」までが収録されていたが、「Vol.2~JABURO~」では第13話から第30話までが収録されている。
ただし、テレビでサブストーリー的な扱いだった「第13話 再会、母よ」「第14話 時間よ、止まれ」「第15話 ククルス・ドアンの島」の3本は、おまけシナリオ扱いとなっているため、この3本をプレイするには前作のクリアデータが必要となっている。
また、前作のクリアデータがある場合、熟練度も引き継がれるので、ゲーム開始時から、より有利に戦闘を進められるようになっているぞ。
など、MSやイベントも大幅に増えた システムは基本的に、前作のシステムをそのまま踏襲しているが、戦闘パートでは武器選択の煩雑さや、武器の効果のわかりにくさを極力排除し、より分かりやすい戦闘システムに変更されている。その代わり、戦闘中に発生するアクシデント・イベントや、水中戦ステージ、複数の敵との戦闘といった要素が新たに追加されている。