大雄等人玩了哆啦A夢的「星際大奇航」遊戲。
結果，胖虎與小夫在遊戲結束後居然沒有回來！大雄等人趕忙尋找線索，利用「宇宙救生艇」追趕，結果卻因為空間跳躍失敗而損毀。還好，胖虎與小夫所在的太空船，也同時同地故障，因此哆啦A夢等人與胖虎、小夫重逢了。
但是，胖虎小夫究竟是怎麼回事呢？
原來，這「銀河漂流艦隊」是由因為環境污染而致星球受到破壞，想要找個新星球移民的人所組織的。其中，里昂等四人作為「宇宙少年騎士團」被派到太陽系來探勘，胖虎、小夫就是誤打誤撞的和他們在了一起。當里昂一行回到「銀河漂流艦隊」以前，結果卻被一個形跡可疑的軍團給捉住了。
哆啦A夢等人後來知道這形跡可疑的軍團名叫「獨立軍」，希望占領地球做為新家！而其首謀，不是司令官里昂的父親里貝爾特，而是控制里貝爾特思想的「艾哥魯安古林」？！哆啦A夢等人為了拯救地球，決心要與艾哥魯安古林決一死戰！到底，哆啦A夢等人能打敗他，平安的返回地球嗎？
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