大雄與同學們為了暑假作業到圖書館去找有關海的資料，無意中看見《金銀島》這本書籍後感到對尋寶一事的憧憬，於是由哆啦A夢的道具「尋寶地圖」中無意刺探到金銀島，於是與哆啦A夢就慫恿胖虎、小夫與靜香一起加入這個冒險，向金銀島出發。到達島上後為了增加氣氛，於是由哆啦A夢拿出「差不多暴風雨」來增添冒險氣氛。但不知道為何忽然引起時空的異變，時空錯亂將他們轉移到17世紀的加勒比海上，並且捲入海盜之間的鬥爭，不但大雄與大家失散了，哆啦A夢還甚至遺失了四次元口袋。而大雄在混亂之中被粉紅色海豚露菲給救到島上，並且結識了單獨在島上生活的少年傑克。另一方面，哆啦A夢們被當代橫跨七個海域的海盜吉特船長與其朋友科爾特船長的女兒貝蒂解救，並且還得到他們的幫助一同前往傳說中的寶島去救大雄。後來還發現原來金銀島是來自未來世界的科隆博士和卡修等人的秘密基地，他們在金銀島上將生物改造成凶暴特性來販賣的惡人集團。哆啦A夢們是否能順利的與大雄會合？他們是否能夠阻止卡修這個犯罪集團的計畫呢？
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