昭和一百年，全世界的人口超過了一百億。世界各國聯手進行著一項，為了尋求新資源的宇宙開發事業「火星地球化計劃」；機器人工學的權威．楢崎龍一，接到過去的助手．吉澤的研究再續委託，但是卻遭到楢崎的拒絕。
一艘由火星歸來的宇宙貨物船墜落於日本，船上裝載的怪獸 NEGADON 也因此覺醒，並以驚人的破壞力朝著首都東京一路攻擊而來。看到這個消息的楢崎，突然想起了他與已故女兒．惠美曾經訂下的約定：「爸爸的夢想，就是在未來打造出為了人類而活躍的機器人世界」。為了遵守與女兒的約定，以及保護科學和人類的未來，楢崎因此決定挺身而出。
他將駕駛人類科學結晶的巨大機器人「彌勒 2 號」，與宇宙怪獸 NEGADON 展開一場撼動天地的殊死戰！
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