在系列開始之前，邪惡的末日(Doom)博士試圖獲得“無限劍”的無限現實扭曲力量，以追求統治世界。鋼鐵俠挫敗了他的計劃，但劍在此過程中破碎，產生了無數的“分形”，如雨點般落在超級英雄城。
自那以後，末日博士與各種超級惡棍結成聯盟，組建了他的致命軍團，以追捕分散的分形。 Doom 的部隊，包括他的兩個主要心腹 MODOK 和 Abomination，居住在 Villainville，它與超級英雄城被一堵巨牆隔開。反對 Doom 的邪惡計劃的是鋼鐵俠，現在領導著被稱為超級英雄小隊的精英團隊，由他自己、獵鷹、綠巨人、銀影俠、雷神和金剛狼組成。
超級英雄小隊總部設在神盾局。 Helicarrier，並且經常得到他們的老闆美國隊長 S.H.I.E.L.D. 的幫助來保衛超級英雄城。驚奇女士、新人“Squaddie”和 Wolverine 的學徒 Reptil，以及更多他們的超級英雄朋友。
在第一季結束時，無限之劍在超大型巨人 Galactus 到來吞噬地球時被重鑄。後來透露，無限劍只能由持有無限手套的人使用。 Silver Surfer 重新加入 Galactus 作為他的先驅，並帶著無限劍離開了團隊。戰鬥結束後，Villainville 被摧毀，他的追隨者被捕，除了逃亡的 Doom。
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