幕末之時、在三河國的蓬萊村中居住著一群能夠操控機關技術被稱作「機關之民」的居民。住在那邊的少年希約用機關救了被賭徒追殺的少年、卻因此被村中的長老斥責。為此而在氣頭上的希約、在朋友希希、小町的邀請下前往誰都無法啟動並沉眠著御神體的古代神社（やしろ）。在那裏，希約等人看到的御神體、是個像是神轎形狀的巨大機關、炎（ほむら）。
希約等人正要試著啟動炎的時候、蓬萊村遭到被稱作風陣的忍者集團襲撃。會操控機關、並要將同族以外的機關之民消滅的風陣，將蓬萊村燒毀並抓走村中的大人們。
逃離神社後才知道村子已經被毀滅的希約以及他的兄弟、還有希希、小町等人的努力下終於成功啟動炎、並順利逃離村子。
順利脫困的孩子們也因此決定要展開一趟找尋希約行蹤不明的父親・益荒男，以及救出被抓走的村民們的旅程。
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