一切的開始追溯到1987年9月，在日本某處發生的離奇事件。事件發生之後的10多年來一直和未知的威脅對抗的火島博士和與那嶺博士組成了開發小組並在雙神島建設了研究所，著手進行地球制彈劾凰機械人的開發計劃。多年後，終於完成了稱之為“素體”的機械人原型機體。但是，就在這時候，主張此後的量產計劃應以生產導向及效率為優先的無人駕駛機械人的火島博士和為了防止萬一機械人不聽指揮發狂時的危險性的有人駕駛機械人的與那嶺博士之間產生對立。經過長久激烈的爭論後，火島博士的提案因為危險性太高的理由被駁回而決定生產有人駕駛的機械人。火島博士同時也被逐出研究所。
多年後，彈劾凰試製機體終於製造成功。但是實驗的結果卻慘不忍睹。機體不聽指揮的狂奔而爆炸。不僅犧牲了駕駛員性命也造成了無數研究員的死傷，開發計劃因此遭到重挫。但是彈劾凰機械人關係到人類的未來，開發計劃並不能停頓。與那嶺博士重新吸收資金來源，招集新的科學家秘密地重建基地不僅挽救了開發計劃並使計劃再開……
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