《小紅帽》先從童話故事的結尾開場，然後以倒敘的手法描述故事。一群包括各種鳥獸的員警和警探接獲私闖民宅的報案電話後，立刻趕到老奶奶卜培梅位於森林的小木屋展開調查。案情乍看之下似乎很明朗，金剛芭比闖入小木屋，毆打假冒成老奶奶卜培梅的大野狼，因此被控各種罪名，包括私闖民宅、偷竊食物以及非法持有一把沒有申請執照的斧頭。
但是眼見不能為憑，一名溫文儒雅、風度翩翩，但是嘴巴跟大炳一樣大的青蛙─神探蛙南（大衛歐格登史戴爾斯）以及滿臉橫肉、"熊"壯威武的熊警官（饒舌歌手艾勒比）和另一位大嘴鳥警官（安東尼安德森）在盤問涉案嫌犯的時候，發現每一名嫌犯都東拉西扯，說出截然不同、荒誕不經的故事。更瞎的是，這起刑案竟然牽連到惡名昭彰的「食賊」，他一直在森林裡偷取大家珍藏的餅糕食譜。
每一名嫌犯都擁有與內在不相符的外表和不可告人的秘密。警方很快就發現看起來天真無邪、涉世未深的小紅帽，其實是個成熟世故、啥都瞭了的現代美眉；而外表兇狠可怕的大野狼其實是個大好人，只是一直都被大家誤解；看起來慈祥和藹可親的老奶奶卜培梅則過著誰也想像不到的秘密生活；另外看起來像個大塊呆，與世無爭的金剛芭比，內心其實充滿了令人意想不到的野心。
他們都不是一般的刑案嫌犯，但是刑事調查員卻必須仰賴各說各話的目擊證人來解開這段羅生門，查出這起令人髮指的案件到底是誰幹的。當兇手的身份終於曝光，小紅帽、大野狼、金剛芭比和老奶奶卜培梅必須一笑泯恩仇，拋開他們彼此的歧見，開創一個另類的快樂結局。
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