玩家在《動物園度假村 模擬動物園》中將扮演繼承了整座動物園的主角,而這座動物園裡面一開始時還只有一頭大象,為了復興動物園,就必須設法來培育全部共 100 種以上的動物,讓遊客們可以跟動物們互相交流,重新贏回遊客們的感動,讓整座動物園再度回復以往的人潮與活力。
在《動物園度假村 模擬動物園》裡,玩家們可以利用主機的鏡頭來觀察動物,並可以把 N3DS 傾斜或是使用主機上的類比墊來操控鏡頭。在使用鏡頭觀察動物時,會在上螢幕顯示動物目前的模樣外觀,玩家們可以藉此來提昇動物的元氣度,並在這個狀態下對動物拍照,藉此來獲得「動物點數」。