本集故事講述，為了拯救拍檔 K 的性命以及危在旦夕的地球，J 探員要穿越時空，回到 1969 年與年輕的K合作，他還發現了 K 從未告訴過他的驚天秘密！這次的遊戲就是要穿梭於 1969 年和 2012 年之間，與兩個時代的外星人進行星球大戰。大家會成為黑超特警，與探員 J 一起打理經營 MIB 局。
玩家要負責創立和管理 MIB 局，例如訓練探員和指派他們執行任務。電影中多種經典武器都會登場，包括失憶棒、蟋蟀槍、原子聚合槍等，用來攻擊入侵地球的外星人。另外可以透過 Facebook 和 Gameloft 的自家社交平台，邀請朋友一齊同你作戰！
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