故事接續動畫第一季《閃電十一人 GO》，在神聖之路（HOLY ROAD）的決賽完結之後，天馬某日回到雷門中學，卻發現學校裡足球部並不存在，足球部的隊員都說他們從未踢過足球。此時，信助勸天馬加入別的社團，面對猶如平行世界般的現象，天馬覺得非常困惑。
在這個時候，一個神秘的少年阿爾夫（アルファ）出現在天馬面前，並要從天馬那裡奪去足球。在與阿爾夫爭奪足球的期間，天馬誤入了一個奇怪的空間之中……。
在那裡，天馬看到的是沒有足球的世界，並且中學時代的圓堂與劍城優一一同來到未來，面對著未知且強大的敵人，天馬將如何應付…？
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