邪惡的惡靈魔軍復甦,並到處大肆破壞而毀滅人民的家園,玩家所扮演的忍者所侍奉的城主未能逃脫魔軍的侵襲,在臨死之前命令玩家,從此月夜下孤傲的身影只為了復仇而疾走於城鎮中。
《GO!忍者》是一款頗為標準的跑酷積分類型遊戲,主角會自動的奔跑於遊戲的街道之內,並斬殺一路上所遇到的五萬魔靈士兵,不過不時也會有綁著引爆符的假人,或是無法斬殺的重裝士兵,此時玩家就要手指透過點擊或是劃動畫面使忍者跳躍,或是飛簷走壁上達屋瓦上來迴避陷阱。
當忍者持續狂奔在關卡中時會在左下角處自動蓄集能量,能量額滿就能使用全畫面炸彈、加速衝刺、防護氣罩等三階段特技,緊急時刻頗有保命之效。每次闖關後獲得的分數可以在商店購買其他裝備,用以提高主角的基礎能力,或是投資於加強絕技效果,不過遊戲的道具價格昂貴,想要靠一般流程存錢要極大的耐心。