遊戲故事一開始，玩家扮演的主角阿朗佐‧巴提拉是可憐被關在船底的戰俘，但機緣巧合下這艘押送主角的軍船卻受到傳奇大海賊勒布斯所襲擊，阿朗佐也因此受到勒布斯的賞識提拔，從階下囚一躍成為獨立船艦的船長！開啟了他不遜色於其他海上英雄的冒險傳奇。
被勒布斯所救的阿朗佐
雖說是《刺客教條》的正宗系列衍生作，但遊戲內容風格卻是大相逕庭，這裡玩家不再需要潛行移動進行各種暗殺，而是真正的掌控船舵航行海面接取各項任務，搜索寶藏、擊破海軍或著受僱於各方神秘勢力，走私一些秘密貨物。 遊戲操作玩法由多種不同模式所組成，基本是虛擬按鍵觸控。一般航行介面下玩家要點擊右下角按鈕控制船體的張帆、下錨來節制航行的移動速度，長壓中央的轉舵兩側則能控制左右轉向的方向。
轉向控制也可以更改設置為重力傾斜感應，利用轉動手上裝置直接掌握船舵，一般而言後者的操作會比預設的觸控更加帶感而順手，建議玩家進入遊戲後優先更改設定。
基本操作介面
也可變更掌舵視點
遊戲海面上看見遠方有著骷髏頭或帆船的符號，代表各項指定任務，玩家必須將手下船艦航行至該處才能觸發任務。 如果懶的操作船舵，也可以將畫面縮為簡圖，已利用類似排程遊戲的方式在海面上畫出航行路徑，船艦就會依照指示前近，在許多時候可以省下玩家不少功夫。
另外每個任務除了主要目標以外，還有限定時間等次要條件，要完成所有的要求才能使任務同步率達到 100% 而完美過關。
遠方的骷髏就是下一任務
當然，既然我們扮演的角色是大無畏的海上勇者，與麻煩的海軍海戰勢必不可免。無論是海面定期巡航艦還是任務中的暗殺擊破，玩家在各式各樣的情境下都必須正面與之一決才能打開新的道路。
在檔案中可看到各項數據資料
這裡遊戲的戰鬥也分為兩種不同模式，敵我對峙時彼此的火炮會有冷卻時間，一但武器先行填裝炮彈完畢的一方就可發動攻擊。
在敵方射擊時將會在螢幕上畫出炮彈的射擊軌跡還有攻擊節奏，玩家就要抓準時機點擊螢幕下方兩側按鈕閃避，或著發動反制炮彈硬擋敵艦炮火。
點擊下方按鈕閃避敵人攻擊
反過來說，當我方攻擊時則要抓準敵人移動的動向，然後以手指拖動火炮的射擊路徑開炮攻擊，依照使用武器的種類不同還可定點狙擊敵艦的火藥艙而給予致命性的傷害。
拖曳彈道射擊敵軍
每次任務順利完成可獲得經驗值與賞金，經驗值升級就可以出航更遠更大的海域，賞金則能換船艦而提高各項數值。
遊戲中也導入「酒館」設定，玩家可在此招募船員，不同的船員可以帶給船艦瞬間加速等不同的技能，善加利用在航行時能獲得很大的幫助。
圖片影片
《刺客教條：海盜奇航》開放最新章節「冷血」 駛向冰冷未知的北冰洋
