《劍之編年史 世界樹的秘寶（ソードクロニクル）》是一款必須考慮幻獸的技能跟類型以及屬性，然後調整陣形來與敵人交戰的回合制戰鬥 RPG。 在本作的戰鬥中，將 HP 以及防禦力高的幻獸排在前面，而攻擊力高的排在後面是遊戲的基本。例如有「盾牌」符號的幻獸就適合在前方，而「刀劍」跟「十字架」的攻擊手跟治療員就適合在後方。
不過玩家除了要考慮這些幻獸的「類型」之外，也得考慮到重要的屬性相剋以及技能，所以在經過新手教學以及前面的故事任務後，玩家就可以體驗到每回合更換陣形的戰略性。
其中要特別注意的就是物理防禦型的雖然可以有效抵擋物理攻擊型的攻擊，但面對魔法攻擊型的時候則是不會有太好的防禦效果，魔法防禦面對物理攻擊時同樣也是無防禦效果。另外屬性相剋的要素同樣也是必須考慮在內。
選擇關卡開始攻略時所決定的好小隊編制位置在戰鬥中每回合開始前都可以再次調整，首先，玩家可以按住自己的幻獸來觀看該幻獸會攻擊哪個敵人（基本上玩家的前衛都會是先攻，幻獸也都會攻擊同一排的敵人），會顯示屬性相剋的圖示。
如果中間的敵人比較強，但玩家中間的那排是編制盾牌前衛跟補血後衛的話，就沒有太大的攻擊力，此時就可以拖曳其他攻擊手來跟補血後衛交換位置，如此一來就可以更有效的進行攻擊。相反的，當玩家的盾牌前衛快要沒有體力時，也可以拉其他體力較多的盾牌角色來代替位置，讓補血後衛來恢復。而當幻獸前方沒有敵人時，該幻獸就會協助攻擊其他方向的敵人。
另外，本作還有鬥技場讓玩家互相戰鬥，不過這邊的戰鬥規則就有點不太一樣了，由於是自動戰鬥的關係，所以陣形無法在戰鬥中更換。玩家在陣形配置上就必須先規劃好才行。只要能夠獲得規定場數的勝利，就可以得到「稱號」。稱號可以讓玩家在戰鬥中獲得額外的加成，例如體力增加以及 COST 增加等。
在鬥技場中除了主動挑戰其他玩家之外，玩家也會被其他玩家挑戰，所以要另外編制「防衛陣形」來讓其他玩家挑戰，這部分編制好的陣形不會隨著玩家在其他地方編排的陣形同步更換，所以玩家如果有更好的幻獸出現時，記得要前往作更換喔。
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