とある地方の巨大学園都市・サガミナミ市。
街の中心にあるのは巨大な学園施設 『サガミナミ総合学園』。
そのサガミナミ総合学園に通うごく普通の学生・橘那由多（たちばななゆた）。
彼はそれなりに楽しく、それなりに学業に勤しむまじめな学生生活を送っていた。
それなのに、なぜか “進級単位が足りない” という事態に。
このままでは留年確定。困り果てたそんな時、単位をくれるという謎のゼミのチラシを手に入れた。
そこにはこう書かれていた。
「来たれ我がゼミに！ 掴め希望のセカイ！ キミの欲しいものはここにある（単位とか☆彡）」
……どう見てもふざけている。
那由多は絶対にイタズラだと思ったが、単位がもらえるかもしれないという期待には勝てず、チラシに書かれていたゼミの場所へ向かった。
そこで出会ったのは、Dr.SOSと名乗る、見るからに怪しいマッドサイエンティストだった。
彼は自分の助手になれば単位をやると言ったが、“ヤバい、マズい、ヒドい” と三拍子そろったDr.SOSを見て那由多は無理だと叫ぶ。
が、単位のため不本意ながらもDr.SOSの助手になる、いや、助手にされてしまったのだった。
Dr.SOSのゼミで繰り広げられるトラブルの満載の日々。 その騒がしくも楽しい日常の横で、
少しづつセカイが動き始めていることを、那由多はまだ知らない――。
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