本作故事描述為實現正義而成立了一支跨國境組織直屬特殊部隊「七聖騎士團」（セブンス．コード），擅長使用人體生命能源「符文」（ルーン）來戰鬥的少女芙蕾雅（フレイア）也為其成員之一。在兄長尤利烏斯（ユリウス）總司令命令下，芙蕾雅接下了首次任務，必須討伐曾出現在過去神話傳說中，如今再度於現代復甦的「神」。以正義之名的七聖騎士團「軌跡創造者」（軌跡創りし者）將挑戰超越人類智慧，能重現神的能力的7名不死「召喚者」（召喚せし者），為對抗諸神之力，人類創造出戰略創造技術兵器，也是通稱「軌跡」（キセキ）的輝石，手握究極科學兵器的芙蕾雅等 7 名騎士即將挑戰任務難鉅的神話頂點，踏上人類未曾踏足的聖戰舞台，開拓全新的未來。
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