2062 年，為了軌道電梯的所有權，地球分為兩大陣營互相爭奪；主角桂木桂隸屬的自由宇宙軍，計畫以新研發的 D 兵器「時空震動彈」破壞軌道電梯的能源供應，但是行動遭遇到敵對陣營的猛烈砲火而不得不撤退。危急中怒火中燒的桂木桂，啟動了尚未調整好的時空震動彈，結果引發了始料未及的時空混亂，造成多元世界同時出現互相混合，並形成了「相剋界」；桂木桂也因此被捲入震波而時空轉移，來到了事件發生的 20 年後的混亂時空世紀 20 年。
桂木桂被埃曼人（エマーン）的商隊尋獲並一同行動，但是桂木桂由於身為修復混亂時空的關鍵「特異點」，成為各勢力爭奪的目標；在不斷戰鬥與尋求解決之道的同時，桂木桂官校的同窗歐森竟然出現在眼前，並且與他兵戎相見；桂木桂甚至還見到了自己未來的女兒雅典娜。桂木桂最終將面對新舊交雜的世界，並試圖修復時空混亂的局面。
《超時空世紀 ORGUSS 02》故事時間延續了本篇最終回之後。有著中古世紀風貌的兩個異世界大國－－利維亞王國和澤福蓮王國，為了爭奪挖掘被稱為「Armor」的古代兵器而陷入一觸即發的緊張情勢。
利維亞的一名少年－－林，為了償還死去的雙親留下的債務，加入軍隊，潛入澤福蓮領地，隨後遇上了身分不名的少女娜塔瑪，一同計畫要如何逃出國境。此時，兩人面前出現了一位，駕駛謎樣Armor‧ORGUSS的老人......
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Megahouse VA高規格 《超時空世紀 ORGUSS 02》Olson Special 完全變形 重塗版 24年12月上市