《發明工坊 2》中玩家再度扮演娜諾卡，前往歷史悠久的天空之城，研發各種道具讓城市展開復興計劃。從「研發道具」、「向區長銷售道具」、「繁榮都市」到「創造都市」，在一年的遊戲時間內、王國的 7 大區域遊戲舞台上再度一展長才。
　　在娜諾卡幫忙復甦藍海之都「特利思提亞」的經濟之後，她再度奉爺爺之命，前往天空之城「涅奧思斐亞」協助復甦王國。在這個自遙遠太古時代開始就為地上人們所敬畏的城市中，娜諾卡將與她的人工生物同伴「史托卡」及機械人「天剎」，還有跟屁蟲「奈奈」，共同發展出一段感人而趣味的研究冒險旅程。
◆千奇百怪的各行各業發明
　　玩家雖然可以在工坊中研發、製造新產品，但是要先有產品才能作基礎研究，進而畫出新產品的設計圖。一開始因為資本有限，所以一切都得從最基本的做起。玩家每天有 3 個時段可以安排，每一樣道具所需要的研究時間不一，只要坐上工坊的工作桌，就可以選擇要先研究哪一項產品，每一個產品都有不同的研究費用及研究成果條件，只要研究天數夠，就可以研發出一款新產品的製作方法設計圖，享受研究的期待與製作的喜悅。
◆新增 3 項製作工具
　　《發明工坊》一代製作新道具時只能使用太陽爐，但在二代中，為了提昇製作成本及時間的選擇彈性，而增加了「手工」、「高速爐」、「增殖爐」三種方式，同時太陽爐也不再免費讓玩家操作，每一種製作工具需要不同的製作時間及金錢，製作數量也不同，如何選擇就看玩家的取捨了。
◆五大類道具，衍生多種研發路線
　　遊戲內所有的道具可以分為「食物」、「化學」、「雜貨」、「機械」、「書物」等 5 大類，從基本的魚、野菜、布、鐵礦、太陽爐、商業指導書，到發明完成的絲綢、壽司、玫瑰香精油、槍枝、學校測驗書籍…等，豐富的道具項目，讓發明路線更寬廣。
　　而且到了遊戲後期，道具的研發就不再是單一路線那麼簡單，只要觸發不同的事件，就可以將最頂級的價值商品們再次相互搭配，而因此獲得夢幻商品的處方籤。
◆新商品與人們分享 快速普及
　　遊戲中與一代最大的不同，是改變了發明成果的普及方法。在涅奧思斐亞的城鎮中分為好幾區，每一區裡都會有「區長」負責當地事務，只要每研發出一項新道具，再製作出足夠的數量分發販賣給各區區長，道具就會在本區內普及，這樣一來就可以省去娜諾卡整天東跑西跑，為了販售商品到每一個角落所花費的心思。
　　只要區長買到新商品，區域內的商店就會陸續開始販賣這項新道具，進而讓自己更加有競爭力，商店人氣、客源及銷售業績就會急起直追，陸陸續續吸引新的資金來進駐開店，為城市帶來人山人海的繁榮光景，進而帶動週邊空地有機會建立新區域，讓發明舞台從一開始的 5 大區塊變成 14 區，人們自然更願意投入資金協助娜諾卡設計公共建設，共同努力打造一座嶄新的城市容貌。
◆販賣不同品項 影響城市文化
　　城鎮中的各大區域都有各自不同的文化特色、經濟型態，比如有著很多高山農作物的「北方農場」、居住著許多鍛治店等專業職人的「涅奧思斐亞港」、還有圍繞著王宮的「綠茵城側」、「圍牆城側」等等，初期都會依各區域的特色而設置不同的商店，但是各區的文化是可以改變的，因為販賣適合各區的發明物，就是促進該區域快速發展的重要工作。
　　根據販賣給各區長的道具種類，就會間接改變城市發展的形式，賣出的發明品越多，街道便會發展的越快。不管是「農業」、「工業」、「商業」還是「觀光」，透過販售不同的商品種類，就可以分別塑造出這四種特色的區域文化。
◆審慎接下委託事件 快速累積發明資金
　　遊戲中除了可以透過販賣新道具給區長而累積研究資金之外，還會觸發事件而接到各式各樣的委託事件，依據不同的委託對象，委託酬勞可是會倍數成長。等遊戲後期的店家漸漸生意興隆，來不及等區長引進新商品時，也可以個別向玩家委託新道具製作，但是跟一代最大的不同是，商店老闆不再會親自登門委託，所以平常在工坊內就不會常常收到煩人的委託訊息。若是想要多賺點外快，可以到處光臨各個店家，老闆們就會當下提出委託需求，讓玩家決定開出的製作日期及酬勞。
◆建置公共設施
　　當區域的復興資金逐漸累積，玩家就可以開始製作劇場、植物園、化學工廠、牧場等公共建設計劃書，來為天空之城設計新市容。因為每一項建設難度不同，玩家可以依照個人的喜好來決定培育城市的方向。
◆配備需求
　　CPU：Pentium 800 以上相容機種
　　作業系統：win98/Me/2000/XP
　　硬碟空間：600 MB
　　記憶體：128 MB
　　光碟機：8 倍速 CD-ROM