傾注於天文研究的兜甲兒自海外歸國，為此而來到宇宙科學研究所參與見習，並且結識茂才特立的所長之子宇門大介。伴隨著曾出不窮的不明飛行物體出現，月亮在夜晚中產生被染成紅色的異象，存心積慮征服統治宇宙的「費加星聯軍」（ベガ星連合軍），開始要將魔爪伸往地球再掀新的戰端，以月球背面作為據點舉軍『飛碟獸』（円盤獣）侵略。有著一段不為人知的慘痛過去的大介，為了不讓所熱愛的第二故鄉重蹈覆轍，毅然地再度挺身而出駕駛克雷飛天神（グレンダイザー），恢復「狄克·弗利特（デューク・フリード）」之名誓死賭上自身性命，與甲兒一同保護這片綠意盎然的大地。
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