故事敘述一名熱愛數碼獸的少年龍野劍(搭檔亞古獸),他不但是足球隊的主力而且也是學校玩數碼獸迷你機的高手,當時正流行網路對戰,劍接受朋友透(トオル,Tooru)的介紹前往秋葉原站前百貨公司玩數碼獸網路對戰終端(需要戴頭盔,乘坐在機台上創造角色模擬線上遊戲那種機台)進入到虛擬的真實世界,第一次全國對戰打贏的劍因此迷上網路對戰。在此時,他的數碼獸迷你機開始發光了…與此同時,巴爾巴獸正企圖要把整個數碼獸徹底消除重新來過,共4卷描述馴獸師跟數碼獸之間的關係與定義還有人與人之間的情誼。
少年即將開啟「次世代」……